chromesomeset = set()snp = {}for x in range(1,24): snp[str(x)] = 0snp['X'] = 0snp['Y'] = 0snp['MT'] = 0print(snp)chromesome = ''inf = open('genome_jun_v3_Full_201608225359.txt')
for line in inf: if line.startswith('r'): #snp_name = line.strip().split('\t')[0] chromesome = line.strip().split('\t')[1] chromesomeset.add(chromesome) snp[chromesome] += 1 #print(chromesome) #print(snp[%s % str(chromesome)]) sorted(snp.keys())for chromesome in chromesomeset: print(chromesome, '\t', snp[chromesome])
gsa的同上,稍做一两处调整。
wegene的没有源数据,找的生信菜鸟团jimmy的shellcut -f 2 jimmy_wegene.txt | unique -c |grep -v "^#"
# 结果分析
从图中可以看出,毕竟23andme是最早做的,位点最多,但是,现在来讲,大约也就上千个点可以被解读,所以意义不大。但是,国内公司的还是引入了中国人的特征位点的,更具有人群优势,适合国人的基因检测,现阶段,大概也就这样了,不知何时可以每个人做全外或全基因检测。