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23andme、gsa、wegene各染色体位点统计
阅读量:5173 次
发布时间:2019-06-13

本文共 872 字,大约阅读时间需要 2 分钟。

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shell还没入门,确切的说是还没学,用python3写了个小脚本统计23andme、gsa、wegene各染色体位点.
代码如下:
23andme:

chromesomeset = set()snp = {}for x in range(1,24):	snp[str(x)] = 0snp['X'] = 0snp['Y'] = 0snp['MT'] = 0print(snp)chromesome = ''inf = open('genome_jun_v3_Full_201608225359.txt')
for line in inf:	if line.startswith('r'):		#snp_name = line.strip().split('\t')[0]		chromesome = line.strip().split('\t')[1]		chromesomeset.add(chromesome)		snp[chromesome] += 1		#print(chromesome)		#print(snp[%s % str(chromesome)])		sorted(snp.keys())for chromesome in chromesomeset:	print(chromesome, '\t', snp[chromesome])

gsa的同上,稍做一两处调整。

wegene的没有源数据,找的生信菜鸟团jimmy的shell

cut -f 2 jimmy_wegene.txt | unique -c |grep -v "^#"

# 结果分析

从图中可以看出,毕竟23andme是最早做的,位点最多,但是,现在来讲,大约也就上千个点可以被解读,所以意义不大。但是,国内公司的还是引入了中国人的特征位点的,更具有人群优势,适合国人的基因检测,现阶段,大概也就这样了,不知何时可以每个人做全外或全基因检测。

 

转载于:https://www.cnblogs.com/zd200572/p/7210974.html

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